Budidaya bawang daun dapat dilakukan di dataran tinggi maupun di dataran rendah, tetapi pada umumnya dilakukan di dataran tinggi karena kesesuaian antara tanaman dengan agroklimat, yaitu daerah sejuk dengan ketinggian sekitar 900 - 1.700 m dpl, curah hujan yang tepat sekitar 1.500 - 2.000 mm/tahun dan kelembaban udara berkisar 80% – 90%, dengan suhu udara harian 19oC - 24oC.
Sesuai dengan namanya, bawang daun diambil hasil produksinya berupa daun bawang, sehingga tujuan budidayanya adalah menghasilkan daun yang bersih dan bebas dari OPT. Budidaya bawang daun tidak terlepas dari berbagai kendala, diantaranyaadanya Organisme Pengganggu Tumbuhan (OPT) yang bisa menyerang mulai fase pesemaian sampai pasca panen.
Kejadian OPT terbaru pada bawang daun terjadi pada Tahun 2016 yang diawali dengan adanya laporan tentang kerusakan tanaman pada bawang daun dengan gejala berupa bintik-bintik coklat kekuningan dan daun yang terserang parah menjadi mengering yang terjadi di Kabupaten Minahasa Selatan, Provinsi Sulawesi Utara.
Kejadian ini ditindaklanjuti dengan melakukan surveillance untuk mengetahui penyebab penyakit tersebut. Surveillance dilakukan Direktorat Perlindungan Hortikultura bersama dengan Klinik Tanaman IPB dan Dinas Pertanian Provinsi Sulawesi Utara (UPTD BPTPH), dan setelah diidentifikasi merupakan penyakit karat daun (Pucciniaallii) yang diketahui sampai saat ini belum pernah ada dan menyerang tanaman bawang daun di Indonesia.
Gejala dan perkembangan penyakit karat daun Penyakit ini awalnya terlihat seperti bintik-bintik kecil (diameter 1-2 mm). Biasanya bentuknya tidak beraturan dan berwarna putih hingga coklat. Awalnya tanda-tanda infeksi dilihat hanya sebagai bintik-bintik hijau terang pada daun yang akhirnya menjadi berpenyakit dan mengandung struktur reproduksi (uredinia).
