Dengan mengusung motto “Benteng Alusunah wal Jamaah”, Sidogiri Penerbit membawa misi menjaga, melestarikan, dan memasyarakatkan khazanah Islam Ahlusunah wal Jamaah di tengah-tengah masyarakat, serta melawan arus pemikiran yang berseberangan. Sejak tahun 1430-1431 H, Pengurus Pondok Pesantren Sidogiri menetapkan program penerbitan buku-buku keislaman melalui Sidogiri Penerbit sebagai prioritas kelima. Sebelumnya, empat prioritas sudah ditetapkan yaitu; pendidikan di Madrasah Miftahul Ulum, dakwah melalui Urusan TM-TB dan Dai, Perpustakaan Sidogiri, dan Kopontren Sidogiri.