Ikhtisar
Alhamdulillahirrobil alamin. Segala puji bagi Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat dan taufikNYA sehingga buku ini dapat hadir di hadapan pada pembaca. Buku ini sangat berguna bagi para mahasiswa, dosen Fakultas Farmasi, Kedokteran umum(termasuk keperawatan), Kedokteran Gigi, Kedokteran Hewan dan profesi lain yang tertarik di bidang obat . Molecular Docking adalah suatu ilmu yang relatif baru di Indonesia.
Buku ini merupakan aplikasi dari SBDD (Structure Base Drugs Design). SBDD adalah bagian dari CADD (Computer Aid Drug Design) atau Desain Obat Berbantuan Komputer .
Seperti diketahui secara garis besar CADD meliputi SBDD dan LBDD (Ligand Base Drug Design). SBDD adalah desain obat berbasis struktur, struktur dalam hal ini adalah reseptor. Dengan demikian untuk mendesain obat perlu diketahui reseptor tempat kerja obat tersebut. Reseptor sebagai template dan Molecular docking sebagai aplikasinya. LBDD (Ligand Base Drugs Design) adalah desain obat berbasis ligand, ligand dalam hal ini adalah obat, dan HKSA adalah aplikasi cara LBDD Buku ini menjelaskan tentang molecular docking kombinasi untuk menjelaskan mengapa beberapa industri farmasi melakukan kombinasi parasetamol dengan ibuprofen.
Seperti kita ketahui parasetamol dapat menyebabkan efek samping hepatotoksis jika diberikan dalam waktu jangka lama, atau dosis berlebih atau diberikan bersama obat yang memerlukan GST untuk metabolismenya seperti kurkumin dan derivatnya.Kombinasi parasetamol dengan ibuprofen bersifat sinergis sehingga dosis parasetamol dapat dikurangi, dengan demikian efek samping hepatotoksis parasetamol juga berkurang.Selain hal tersebut, buku ini juga akan menjelaskan kombinasi parasetamol dengan algetika (obat baru temuan penulis) yang lebih poten dibanding kombinasi parasetamol dengan ibuprofen.Buku ini juga sangat cocok untuk memprediksi efek suatu ekstrak karena dalam ekstrak terkandung beberapa molekul.
Buku ini akan membahas Molecular Docking kombinasi menggunakan salah satu software untuk docking yaitu PLANTS. Beberapa metode / software untuk molecular docking antara lain : AUTODOCK, UCSF DOCK, ICM DOCK, GOLD, PLANTS, MOE DOCK, Flex X, dan GLIDE. CADD merupakan salah satu topik dalam Kimia Medisinal. Kimia Medisinal adalah mata kuliah wajib bagi mahasiswa Fakultas Farmasi di seluruh Indonesia.
Bagi formulator buku ini sangat bermanfaat untuk memprediksi apakah kombinasi beberapa obat, dua, atau tiga atau empat dan seterusnya (dengan target yang sama) menguntungkan, bersifat sinergis atau tidak sinergis.
Sampai saat ini belum ada buku yang membahas docking kombinasi.
Penulis mengucapkan banyak terimakasih kepada Penerbit dan semua pihak yang telah membantu baik secara langsung maupun tidak langsung sehingga buku ini dapat dinikmati para pembaca.Penulis menyadari pepatah’’tiada gading yang tak retak’’, oleh karena itu kritik dan saran untuk penyempurnaan buku ini sangat diharapkan dan dapat disampaikan ke E-mail : hari_farmasi@ugm.ac.id
Daerah Istimewa Yogyakarta, 4 Pebruari 2024
Setiap Pembeli Buku ini Berhak mendapat software Free yang digunakan untuk Molecular Docking dengan mengirim wa ke nomor 081227910358 ATAU Unduh di google drive https://drive.google.com/file/d/1wFUlBTjSc7fo5x4p3G1r7v WytzDkLpPW/view?usp=drive_link
Penulis
Hari Purnomo
Pendahuluan / Prolog
Pendahuluan
Dalam proses pengembangan obat, untuk memprediksi struktur kompleks ligan kecil dengan protein, yang disebut docking protein-ligan, docking secara luas digunakan dalam pemilihan virtual database besar dan dalam optimasi terbaik.
Berdasarkan struktur protein, struktur ligan dan fungsi penilaian, tujuan docking adalah untuk menemukan konformasi energi ligan rendah di situs pengikatan protein yang sesuai dengan minimum penilaian fungsi global.
Docking PLANTS (Protein-Ligand ANT-System) didasarkan pada kelas algoritma optimasi stokastik yang disebut optimasi koloni semut (ACO = Ant Colony Optimization).
ACO terinspirasi oleh perilaku semut nyata menemukan jalan terpendek antara sarang dan sumber makanan. Semut menggunakan komunikasi tidak langsung dalam bentuk feromon pelacak untuk menandai jalur jalan (lintasan) antara sarang dan sumber makanan.
Dalam kasus docking protein-ligan, sebuah koloni semut artificial digunakan untuk menemukan konformasi energi minimum ligan di situs pengikat (binding site). Semut ini digunakan untuk meniru seperti perilaku semut nyata dan menandai konformasi ligan energi rendah dengan pelacak-pelacak feromon. Informasi pelacak feromon buatan ini diubah dalam pengulangan (iterasi) berikutnya untuk menghasilkan konformasi energi rendah dengan probabilitas yang lebih tinggi. (http://www.tcd.unionstanz.de/research/plants.php diakses pada tanggal 13 Februari 2010, Korb, 2006, Korb, 2007, Korb, 2010).
Beberapa Kelebihan PLANTS antara lain free, praktis, sederhana dan mudah (cukup single line command untuk simulasi), baik protein maupun ligand bergerak (MOE : hanya ligand yang bergerak), skor docking mempunyai rentang yang lebar (puluhan) dibanding skor docking di MOE yang hanya satuan, hasil docking (PDB hasil docking) dapat divisualisasi di software lain (Istyastono, 2010). Saat ini atas jasa Satyo Nuryadi ,S.T.,M. Eng (dosen UTY) PLANTS dapat langsung beroperasi di Wondows bit 64 melalui CMD. (Sebelumnya harus melalui Co-Pendrivelinux).
Disamping kelebihan, maka PLANTS juga mempunyai kelemahan antara lain: PLANTS tidak menyediakan fungsi preparasi protein, ref_ligand maupun ligand sehingga diperlukan YASARA untuk preparasi protein dan ref_ligand dan diperlukan SketchChem untuk preparasi ligand (Istyastono, 2010).
Dalam molecular docking akan menghasilkan skor yang menggambarkan energi total ikatan protein-ligand. Dengan membandingkan skor suatu senyawa dengan senyawa lainnya (kode PDB sama, software sama, perangkat komputer yang sama), maka akan dapat dijelaskan mengapa senyawa yang satu lebih poten dibanding senyawa lainnya. Makin kecil skor suatu hasil docking berarti komplek protein-ligand makin stabil sehingga ligand(senyawa) makin poten. Dengan visualisasi maka akan terlihat asam amino apa saja yang berperan dalam menjaga stabilitas senyawa tersebut pada reseptornya (Reseptor bisa juga berupa enzim) (Korb, 2009, Purnomo, 2011).
Molecular docking kombinasi adalah cara yang tepat untuk memprediksi efek kandungan ekstrak yang kebanyakan mengandung senyawa majemuk.Untuk memprediksi kandungan ekstrak tidak dapat dilakukan dengan molecular docking biasa.
Penulis
Hari Purnomo - Dr. Hari Purnomo, M.S., Apt adalah Lulusan terbaik SMAN ARGOMULYO , Sedayu, Bantul, Yogyakarta tahun 1979 ini melanjutkan pendidikan di Fakultas Farmasi UGM dan lulus S1 tepat waktu pada bulan Agustus 1984.
Daftar Isi
Sampul
Kata Pengantar
Testimoni
Daftar Isi
Pendahuluan
Bab I. Download dan Instalasi Aplikasi yang Dibutuhkan
1.1. Download dan instalasi ChemAxon
1.2. Download dan instalasi YASARA
Bab II. Validasi Metode Docking
2.1. Preparasi Protein Dan Ligand
2.2. Preparasi Docking
Bab III. Men-Docking-Kan Parasetamol Terhadap 6COX
3.1. Preparasi ligand.mol2 parasetamol untuk di docking-kan
3.2. Men-docking-kan parasetamol
Bab IV. Men-Docking-Kan Ibuprofen Terhadap 6COX
4.1. Preparasi ligand.mol2 Ibuprofen untuk didocking-kan
4.2. Men-docking-kan ibuprofen
4.3. Analisa hasil docking
Bab V. Men-Docking-Kan Parasetamol Dan Ibuprofen Terhadap 6COX
Bab VI. Men-Docking-Kan Algetika [1,3BIS(Para-Hidroksi Fenil)Urea] Terhadap 6COX
6.1.File yang harus ada di folder ALGETIKA_6COX di Bab Vi Men-Docking-Kan Algetika [1,3Bis(Para-Hidroksi Fenil)Urea] Terhadap 6cox
6.2. Preparasi ligand.mol2 Algetika untuk didocking-kan
6.3.Men-docking-kan ALGETIKA
6.6. Analisa hasil docking
Bab VII. Men-Docking-Kan Parasetamol Dan Algetika [1,3 BIS(Para-Hidroksi Fenil)Urea]Terhadap 6COX
Bab VIII. Men-Docking-Kan Ibuprofen Dan Algetika [1,3 BIS(Para-Hidroksi Fenil)Urea]Terhadap 6COX
Bab IX. Mend-Dockingkan MH2011 Terhadap 6COX
9.1.File yang harus ada di folder kerja
9.2.Preparasi ligand.mol2 MH2011 untuk di-dockingkan
9.3.Men-docking-kan MH2011
9.4.Buat file PDB hasil docking MH2011
Bab X. Docking Kombinasi 3 Molekul MH2011_Algetika_Parasetamol _6COX
Bab XI. Docking Kombinasi 2 Molekul MH2011_Algetika_6COX
Bab XII. Docking Kombinasi 2 Molekul MH2011_Parasetamol_6COX
Bab XIII. Docking Kombinasi 3 Molekul MH2011_Ibuprofen_Parasetamol_6COX
Lampiran
Biografi
