Perang setelah kemerdekaan, terjadi pada tanggal 21 Juli 1947 dan 19 Desember 1948. Perang ini, disebut agresi militer Belanda 1 dan 2. Banyak negara mengecam aksi Belanda dan bersimpati terhadap Indonesia. Hal tersebut, melahirkan perjanjian Roosevelt yang membuat perang berhenti untuk sementara.
Tidak puas dengan hasil perjanjian tersebut, Belanda kembali melakukan serangan ke berbagai kota-kota penting di Indonesia. Hal ini dilakukan untuk melemahkan pemerintahan. Ibukota Indonesia yang kala itu bertempat di kota Yogyakarta.
Jenderal Soedirman adalah pemimpin perang yang dilakukan secara gerilya ketika Belanda berhsail menduduki ibukota. Hingga akhirnya pada tanggal 1 Maret 1949, rakyat dan TNI meluncurkan serangan yang disebut Serangan Umum 1 Maret 1949 serta berhasil memukul mundur Belanda keluar dari Yogyakarta.
Ketika Yogyakarta berhasil direbut kembali pemerintah membangun Monumen Jogja Kembali untuk mengenang kejadian bersejarah itu. Monumen yang diprakarsai oleh Kolonel Sugiarto ini memiliki kurang lebih 1700 koleksi yang terdiri dari benda bersejarah, diorama dan instalasi yang dibuat oleh seniman Indonesia.Pada Lantai 1 terdiri dari empat ruangan museum yang memamerkan barang-barang atau artefak bersejarah.
Koleksi senjata dan benda sejarah dari Istana Presiden di Yogyakarta, ada pada bangunan dengan bentuk tumpeng ini. Bentuk tumpeng bermakna sebagai simbol keberhasilan Indonesia mengusir Belanda. Lantai 2 berisi diorama dengan 10 adegan yang menceritakan kejadian pada saat Serangan Umum 1 Maret.
Lantai terakhir merupakan tempat untuk mengheningkan cipta bagi para rakyat yang gugur pada kejadian tersebut. Pengunjung biasa menggunakan tempat ini untuk mendoakan pahlawan.
