Masjid nasional Indonesia ini dibangun pertama kali oleh Presiden RI pertama Ir. Soekarno, ditandai dengan pemancangan batu pertama pada 24 Agustus 1951. Filosofi keberagaman Istiqlal yang juga bermakna harfiah Merdeka adalah arsiteknya seorang Kristen Protestan, Frederich Silaban, seorang arsitek otodidak.
Pendidikan formalnya hanya setingkat STM (Sekolah Teknik Menengah), ia terkenal dengan berbagai karya besarnya di dunia arsitektur dan rancang bangun di mana beberapa hasil karyanya menjadi simbol kebanggaan bagi daerah tersebut. Bangunan utama masjid yang berdiri di bekas Taman Wilhelmina ini terdiri dari lima lantai dan satu lantai dasar.
Masjid ini memiliki gaya arsitektur modern dengan dinding dan lantai berlapis marmer, dihiasi ornamen geometrik dari baja antikarat. Bangunan utama masjid dimahkotai satu kubah besar berdiameter 45 meter yang ditopang 12 tiang besar. Menara tunggal setinggi total 96,66 meter menjulang di sudut selatan selasar masjid.
Menara Masjid Istiqlal adalah bangunan yang pertama kali dibangun, saat pembangunan Masjid Istiqlal dimulai. Menara megah tersebut melambangkan keagungan Islam, dan kemuliaan kaum muslimin. Keistimewaan lainnya, menara yang terletak di sudut selatan masjid, dengan ketinggian 6.666 cm ini dinisbahkan dengan jumlah ayat-ayat Al-Quran.
Pada bagian ujung atas menara, berdiri kemuncak (pinnacle) dari besi baja yang menjulang ke angkasa setinggi 30 meter sebagai simbol dari jumlah juz dalam Al-Quran. Menara dan kemuncak baja ini membentuk tinggi total menara sekitar 90 meter. Masjid Istiqlal yang megah ini adalah bangunan berlantai dua.
Lantai pertama untuk perkantoran, ruang pertemuan, instalasi AC sentral dan listrik, kamar mandi, toilet dan ruang tempat wudhu. Lantai dua, untuk salat yang terdiri dari ruang salat utama dan teras terbuka yang luas guna untuk menampung jemaah yang melimpah terutama pada saat salat Idul Fitri dan Idul Adha.
